有機氮主要以蛋白質形式存在，還有尿素、胞壁酸、脂肪胺、尿酸和有機堿等含氨基和不含氨基的化合物，有些有機氮如果膠、甲殼質和季胺化合物等很難生物降解。生產或以這些有機氮為原料的工業排放的廢水中會含有這些有機氮。
鋼鐵、煉油、化肥、無機化工、鐵合金、玻璃制造、肉類加工和飼料生產等行業排放含有氨氮的工業廢水，皮革、動物排瀉物等新鮮廢水中氨氮初始含量并不高，但由于廢水中有氮的脫氨基反應在廢水貯存或在排水管道中駐留一段時間后氨氮的濃度會迅速增加。
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對有機氮工業廢水可采用生物法處理，在微生物去除有機碳的同時，高級氧化通過生物同化及生物礦化作用將廢水中的有氮轉化為氨氮。氨氮廢水的處理方法有汽提、空氣吹脫、離子交換、活性炭吸附、生物硝化和反硝化等。
一般認為廢水中的致病微生物有細菌、病毒、立克次氏體、原生動物和真菌等五種，立克次氏體介于細菌和病毒之間，一些微生物學家把以致梅毒體為代表的致病螺旋體歸納為第六種致病微生物，而螺旋體介于細菌和原生動物之間。有些高于原生動物的微生物，如線蟲也能致病。生活污水及屠宰、生物制品、醫院、制革、洗毛等工業廢水中常含有這些能傳染各種疾病的致病微生物。
對致病病原體較為集中和含量較大的污水好進行單獨消毒處理，然后再和其他污水一起進行二級生化處理，這樣可以減少消毒劑的消耗量。因為病原體在水中的存活時間較長，有的病毒和寄生蟲卵用一般的消毒方法難以殺死。
消毒殺菌的方法有氯、二氧化氯、臭氧等氧化法、石灰處理、紫外線照射、加熱處理、超聲波等，另外超濾處理也可以除去水中大部分的細菌。就細菌、病毒的去除而言，臭氧氧化、紫外線照射等方法效果很好，但處理后的水中沒有類似余氯的剩余消毒劑，無法防止微生物的再繁殖，通常需要在處理后再補充加氯處理。
物理化學方法
1.吸附法:少量重金屬離子、難降解有機物、脫色除臭等。；
2.離子交換法:回收貴金屬、放射性廢水、有機廢水等。；
3.提取方法:難降解有機物、重金屬離子等。；
4.吹脫和汽提:除去可溶性和揮發性物質。
生物方法：
1.活性污泥法:廢水生物處理中微生物懸浮于水中的各種方法的總稱；
2.生物膜法:一種利用固定在惰性材料表面的膜生物群落處理污水或廢氣的方法。生物過濾法、生物接觸氧化法、生物轉盤法都屬于這種方法；
